Oye ya probaste verificarlo con linux? Gparted? hacerle un test ahi?
Yo probaría a ver si es visible su contenido con winrar. (abres winrar y te vas a la ubicación del disco duro)
y si de plano no puedes, entonces estoy casi seguro que será un problema del disco, no de la partición.
Si sí puedes, QUIZÁ tengas un bug que no es tan grave pero que oculta las carpetas del disco duro, y a veces denega peticiones al sistema.
Me pasÓ, en mi pc no habia la gráfica del espacio disponible del disco, todo era 0bytes, el disco era inaccesible por el explorador, por modo a prueba de fallos y en fin, por ubuntu NO. Pero yo loqueria en windows no en ubuntu xq ubuntu lo tengo para resolver problemas. En fin, en ubuntu no podía tmpoco hacer algo, y el kaspersky me escaneaba 1 solo fichero que era una carpeta falsa, y decia 0 amenazas, y yo: QUEE?? pues donde está el contenido?
Asi que ni eso funcionó, tuve que ver con winrar y ahi estaba todo mi contenido, (el virus te impide activar "ver carpetas y archivos ocultos" Y tuve que mover todo con un live cd y formatear.
PD. Tengo un problema con un disco externo que le quité la carcaza y el circuito para usb y lo conecté a mi pc con cable sata pero xp no lo detecta, solo hace un ruido cada 2 segundos y me relentiza la máquina, en ubuntu si se ve, pero acá no... que x cierto, la primera encendida que le dí a la pc con el disco puesto SI LO DETECTÓ, y lo usé, reinicé y...PUM. Pero si lo hago externo SÍ FUNCIONA! ¬¬
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